종부세 세율·공정시장가액비율 인상! 다주택자·지방 세컨드홈 특례까지

종부세 세율 인상과 공정시장가액비율 상향 조정이 예고되면서 고가 주택 보유자와 다주택자의 보유세 부담 급증에 대한 우려가 커지고 있지만, 주택 수 중심의 징벌적 중과 체계가 과세표준 가액 기준의 단일 세율로 전환되고 지방 세컨드홈 특례가 대폭 확대되므로 세부 규정을 정확히 파악하면 합리적인 절세 방안을 마련할 수 있습니다. 정부의 2026년 세제개편안에 따라 2027년과 2028년 단계적으로 바뀌는 종합부동산세 공정시장가액비율(70%~80%)과 구간별 세율표, 인구감소지역 세컨드홈 주택 수 제외 요건을 상세히 정리해 드립니다.

이 글은 2026.9.1. 국무회의에서 의결된 「2026년 세제개편안」 정부안 기준입니다. 정기국회 심사 과정에서 내용이 바뀔 수 있으니, 실제 거래 전에는 반드시 세무 전문가와 최신 법령을 확인하세요.

종부세 공정시장가액비율 및 세율 개편 핵심 비교표

공정시장가액비율 70%~80% 인상 구조와 파급 효과

종합부동산세 과세표준을 결정하는 핵심 변수인 공정시장가액비율이 2027년부터 본격적으로 상향 조정됩니다. 2022년 이후 부동산 시장 침체와 세부담 완화를 위해 법정 하한선인 60%로 묶여 있었으나, 보유세 정상화 방침에 따라 단계적으로 인상됩니다.

• 일반 주택 및 1주택자 70% 적용: 1세대 1주택자를 포함한 일반 납세자는 2027년 1월 1일 이후 납세의무 성립분부터 공정시장가액비율이 현행 60%에서 70%로 인상됩니다. 2028년 이후에도 70% 수준이 유지되어 과도한 세부담 급증을 방어합니다.
• 3주택 이상자 및 조정대상지역 보유자 80% 적용: 1세대 1주택자를 제외한 3주택 이상 다주택자와 서울 및 경기 15개 조정대상지역 내 주택 보유자는 2027년 70%를 거쳐 2028년부터 80%로 추가 인상됩니다. 공시가격 합산액에서 기본공제를 차감한 금액의 80%가 그대로 과세표준에 반영되므로 다주택자의 보유세 부담이 실질적으로 무거워집니다.
• 과세표준에 미치는 영향: 공정시장가액비율이 60%에서 70%로 오르면 공시가격 변동이 없더라도 과세표준 자체가 약 16.7% 증가하며, 80%로 오를 경우 현행 대비 약 33.3% 증가하는 효과를 낳습니다.

주택분 종부세 세율 체계 개편: 2027년 인상과 2028년 단일 세율화

종합부동산세법 제9조 개정안은 주택 수에 따라 가혹하게 할증 과세하던 다주택 중과 제도를 폐지하고, 자산 가액(과세표준) 총액에 따라 과세하는 선진국형 조세 체계로 전환하는 중대한 내용을 담고 있습니다.

세율 개편 핵심 해석:
1. 2027년 과도기: 2주택 이하 보유자의 6억 초과 전 구간 세율이 인상(6~12억 구간 1.0%→1.3%, 12~25억 구간 1.3%→1.5% 등)되며, 3주택 이상자는 6~12억 원 구간만 1.0%에서 1.3%로 소폭 인상됩니다.
2. 2028년 단일 세율화의 명암: 주택 수 구분이 완전히 사라지면서 2주택 이하 보유자라도 과세표준이 12억 원을 초과하면 현행 3주택 이상 중과세율과 동일한 고율(2.0%~5.0%)을 적용받게 됩니다. 즉, 서울 핵심지에 고가 주택 1~2채를 보유한 자산가의 고가 구간 세율이 크게 상향되는 구조입니다.

지방 세컨드홈 특례 확대 (인구감소지역 주택 수 제외)

다주택자에 대한 보유세 강화 기조 속에서도 지방 소멸 위기를 극복하고 지역 경제를 활성화하기 위해 지방 세컨드홈에 대한 세제 특례가 대폭 확대됩니다. 2027년 1월 1일 이후 취득하는 주택부터 적용 범위와 가액 기준이 대폭 완화됩니다.

• 1주택자의 1세대 1주택 지위 유지 (조특법 §71의2): 기존 1주택자가 비수도권 인구감소지역 주택을 취득해도 계속해서 1세대 1주택자로 인정받아 종부세 기본공제(14억 원)와 세액공제(최대 80%) 혜택을 온전히 누릴 수 있습니다.
• 수도권 접경지역 및 관심지역 가액 상한 상향 (4억 → 6억 원): 인천 강화·옹진, 경기 연천 등 수도권 접경 인구감소지역과 비수도권 인구감소관심지역의 주택 취득 가액 상한이 공시가격 4억 원 이하에서 6억 원 이하로 상향됩니다.
• 일반 비수도권 지역 신규 편입 (공시가 4억 원 이하): 인구감소지역이 아닌 일반 비수도권(광역시 제외) 지역에 소재한 주택도 공시가격 4억 원 이하인 경우 특례 대상 주택으로 새롭게 추가됩니다(세부 범위는 대통령령 규정).
• 특례 취득 적용 기간 3년 연장: 당초 2026년 12월 31일로 예정되었던 취득 기한이 2029년 12월 31일까지로 3년 추가 연장되어 장기적인 주택 매수 계획이 가능해졌습니다.
• 다주택자 양도세·종부세 주택 수 산정 제외: 다주택자가 위 요건을 갖춘 지방 주택을 취득하는 경우에도 종부세 계산 시 주택 수 산정에서 제외되며, 조정대상지역 주택 양도 시 중과세율 적용 대상 주택 수에서도 제외되는 혜택을 받습니다. 단, 종전 주택과 동일한 시·군·구에 위치한 주택을 취득하는 경우에는 특례 적용에서 제외됩니다.

다주택자 및 자산가 실전 대응 4단계 로드맵

세율 인상과 공정시장가액비율 상향이 예고된 2027~2028년 이전에 주택 소유자가 실행해야 할 단계별 보유세 절세 전략입니다.

1. 1단계: 전국 보유 주택 공시가격 및 과세표준 시뮬레이션: 부동산공시가격알리미를 통해 주택별 공시가격을 취합하고, 2027년 공정비율 70%와 2028년 80%(조정지역·3주택) 인상을 가정한 예상 과세표준을 산출합니다.
2. 2단계: 2027~2028년 다주택 양도세 중과 완화 기간 내 매각: 2028년부터 단일세율화로 고가 구간 세율이 급등하므로, 양도세 중과 완화(+5~10%p 완화세율)가 적용되는 2027년 중에 비선호 주택을 매도하여 보유 주택 수를 줄입니다.
3. 3단계: 지방 주택의 세컨드홈 특례 요건 충족 검토: 보유 중이거나 매수를 검토 중인 지방 주택이 인구감소지역 공시가 9억 이하, 관심지역 6억 이하, 일반 비수도권 4억 이하 기준에 부합하여 주택 수 제외가 가능한지 점검합니다.
4. 4단계: 세부담 상한 150% 안전장치 및 현금 흐름 점검: 공시가격 급등이나 비율 인상으로 세금이 늘어나더라도 전년도 보유세의 1.5배를 초과할 수 없으므로, 연도별 세부담 상한액을 바탕으로 연간 현금 흐름을 계획합니다.

납세자가 반드시 짚고 넘어가야 할 팩트체크

종부세 세율 및 비율 인상과 관련하여 시중에 퍼진 대표적인 오해 3가지를 명확히 바로잡습니다.

• “세율표의 12억, 25억 기준은 주택 실거래가인가요?”: 아닙니다. 세율표에 표기된 금액은 실거래가나 공시가격이 아니라, 기본공제를 차감하고 공정시장가액비율을 곱해 산출된 순수 ‘과세표준’ 기준입니다. 실거래가 기준으로는 훨씬 더 높은 가격대의 주택에 해당합니다.
• “다주택 중과세율이 폐지되면 세금이 무조건 줄어드나요?”: 아닙니다. 주택 수에 따른 차등은 폐지되지만 과세표준 가액 기준으로 단일 세율이 적용되며, 12억 초과 구간의 세율(2.0~5.0%)은 기존 3주택 중과세율 수준으로 상향 일원화됩니다. 고가 2주택 보유자는 세율이 오히려 크게 올라갑니다.
• “세부담 상한이 200%로 올라 세금이 2배씩 뛰나요?”: 사실이 아닙니다. 8월 3일 원안에서는 세부담 상한을 200%로 인상하려 했으나, 9월 1일 국무회의에서 이를 전면 철회하고 현행 150%를 유지하기로 확정했습니다. 전년도 총 보유세(재산세+종부세) 대비 1.5배를 넘어 부과되지 않습니다.

종부세 세율 인상과 80% 공정시장가액비율 상향은 다주택 보유와 똘똘한 고가 주택 보유에 대한 비용을 동시에 끌어올리는 강력한 조치입니다. 반면 지방 세컨드홈은 확실한 비과세 탈출구를 제공하므로, 2027년 시행 전에 자산 포트폴리오를 재편하시기 바랍니다.

자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 3주택 이상 보유자는 공정시장가액비율이 언제부터 80%로 올라가나요?

개정안에 따르면 3주택 이상 보유자와 조정대상지역 내 주택 보유자(1세대 1주택자 제외)는 2027년에 70%가 적용되고, 2028년 1월 1일 이후 납세의무 성립분(2028년 12월 고지분)부터 80%가 본격 적용됩니다.

Q2. 지방에 있는 모든 주택이 세컨드홈 특례로 주택 수에서 제외되나요?

모든 주택이 해당되지는 않습니다. 비수도권 인구감소지역의 공시가격 9억 원 이하 주택, 수도권 접경 및 비수도권 관심지역의 공시가격 6억 원 이하 주택, 일반 비수도권 지역의 공시가격 4억 원 이하 주택에 한해 특례가 적용됩니다. 또한 기존 주택과 동일한 시·군·구에 위치한 주택은 제외됩니다.

Q3. 2028년에 주택 수 차등 세율이 폐지되면 1주택자도 최고 5% 세율을 낼 수 있나요?

이론상 가능합니다. 2028년부터는 주택 수와 무관하게 과세표준 금액만을 기준으로 단일 누진세율표가 적용되므로, 1주택자라도 과세표준이 94억 원을 초과하는 초고가 주택 소유자는 최고세율인 5.0%를 적용받게 됩니다.